Le Botswana, niché au cœur de l'Afrique australe, est enclavé entre la Namibie à l'ouest et le Zimbabwe à l’est, et partage une large frontière avec l'Afrique du Sud. À la pointe nord, se trouve le quadripoint africain, qui rassemble dans un petit périmètre, non loin des chutes Victoria, les frontières du Botswana, de la Namibie, de la Zambie et du Zimbabwe.
La caractéristique la plus marquante du pays est la surface du désert du Kalahari, qui couvre une grande partie de son territoire et présente une alternance de vastes étendues de sable rouge et de savane.
Le Botswana comprend également différents milieux aquatiques, notamment le delta de l'Okavango au nord-ouest, l'un des plus grands deltas intérieurs du monde. Alimenté par l’Okavango, rare fleuve à ne pas rejoindre la mer, il présente des canaux sinueux, des lagunes et des îles qui créent un écosystème unique. D’autres cours d’eau alimentent essentiellement les parties nord et orientale du pays, notamment le Kwando, le canal Savuti ou encore la rivière Khwaï, où vient s’abreuver une faune abondante.
Enfin, le Botswana présente une transition graduelle de la savane, au centre du pays, vers la brousse et les forêts denses de la région de Chobe.