Le Salvador abrite une biodiversité méconnue mais fragile, notamment dans les parcs de Cerro Verde, El Imposible ou sur les versants forestiers des volcans. Des efforts de conservation sont menés dans plusieurs zones protégées : reboisement, préservation de la faune endémique, éducation environnementale. Le tourisme de randonnée y contribue positivement, à condition d’être respectueux des sentiers et des populations locales. C’est pourquoi il est important d’écouter les conseils de votre guide sur place.