Taïwan consacre plus de 20 % de son territoire à des parcs nationaux et réserves naturelles. La protection de la faune (ours noir de Taïwan, macaques, cerfs sika…) et des forêts primaires est très active, avec un important réseau de sentiers gérés par les autorités forestières. Les randonneurs sont invités à respecter les zones balisées et à suivre les règles strictes en matière de déchets. Concernant la préservation des plantes, Taïwan excelle avec ses 4 442 espèces de plantes vasculaires indigènes. Un quart d’entre elles sont endémiques et leur nombre a augmenté ces dernières années. Taïwan possède une liste rouge comprenant les espèces de plantes, leur nombre et leur statut. Plusieurs lois ont été adoptées afin de protéger la flore locale.